الهدف من إنشاء الأكاديمية أن تكون عاملا أساسيا فاعلا للأمن الفكري في مصر والوطن العربي والعالم الإسلامي والمساهمة في تكوين جيل جديد محصن من أفكار الضلال ولديه الوعي الكافي لإدراك حيل أهل الشر ودجل المتاجرين بالدين الإسلامي العظيم، فالأكاديمية تعد معملا فعليا لفحص جميع الأمراض والأوبئة الفكرية التي أصابت الحالة الفكرية في الدول العربية والإسلامية على مدار القرن الماضي من تشويه الصورة الحقيقية للرسالة الإسلامية.